PCR反應(yīng)的特點是具有較大擴增能力與*的靈敏性，但令人頭痛的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生.

污染原因：

(一)標本間交叉污染:標本污染主要有收集標本的容器被污染，或標本放置時，由于密封不嚴溢于容器外，或容器外粘有標本而造成相互間交叉污染;標本核酸模板在提取過程中，由于吸樣槍污染導(dǎo)致標本間污染;有些微生物標本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴散，導(dǎo)致彼此間的污染.

(二)PCR試劑的污染:主要是由于在PCR試劑配制過程中，由于加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染.

(三)PCR擴增產(chǎn)物污染.這是PCR反應(yīng)中最主要的污染問題.因為PCR產(chǎn)物拷貝量大(一般為1013拷貝/ml)，遠遠高于PCR檢測數(shù)個拷貝的極限，所以極微量的PCR產(chǎn)物污染，就可造成假陽就可形成假陽性.
還有一種容易忽視，最可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式是氣溶膠污染；在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應(yīng)管，開蓋時、吸樣時及污染進樣槍的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠而污染.據(jù)計算一個氣溶膠顆粒可含48000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題.

(四)實驗室中克隆質(zhì)粒的污染:在分子生物學實驗室及某些用克隆質(zhì)粒做陽性對照的檢驗室，這個問題也比較常見.因為克隆質(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當高，另外在純化過程中需用較多的用具及試劑，而且在活細胞內(nèi)的質(zhì)粒，由于活細胞的生長繁殖的簡便性及具有很強的生命力.其污染可能性也很大.

污染的監(jiān)測：一個好的實驗室，要時刻注意污染的監(jiān)測，考慮有無污染是什么原因造成的污染，以 便采取措施，防止和消除污染.

對照試驗：

1.陽性對照:在建立PCR反應(yīng)實驗室及一般的檢驗單位都應(yīng)設(shè)有PCR陽性對照，它是PCR 反應(yīng)是否成功、產(chǎn)物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個重要的參考標志.陽性 對照要選擇擴增度中等、重復(fù)性好，經(jīng)各種鑒定是該產(chǎn)物的標本，如以重組質(zhì)粒為陽 性對照，其含量宜低不宜高(100個拷貝以下).但陽性對照尤其是重組質(zhì)粒及高濃度陽 性標本，其對檢測或擴增樣品污染的可能性很大.因而當某一PCR試劑經(jīng)自己使用穩(wěn) 定，檢驗人員心中有數(shù)時，在以后的實驗中可免設(shè)陽性對照.

2.陰性對照:每次PCR實驗務(wù)必做陰性對照.它包括①標本對照:被檢的標本是血清就用 鑒定后的正常血清作對照;被檢的標本是組織細胞就用相應(yīng)的組織細胞作對照.②試劑 對照:在PCR試劑中不加模板DNA或RNA，進行PCR擴增，以監(jiān)測試劑是否污染.

3.重復(fù)性試驗

4.選擇不同區(qū)域的引物進行PCR擴增

防止污染的方法：

一． 污染的預(yù)防：

進行PCR操作時，操作人員應(yīng)該嚴格遵守一些操作規(guī)程，最da程度地降低可能出現(xiàn)的PCR污染或杜絕污染的出現(xiàn)。

（一）劃分操作區(qū)：目前，普通PCR尚不能做到單人單管，實現(xiàn)*閉管操作，但無論是否能夠達到單人單管，均要求實驗操作在三個不同的區(qū)域內(nèi)進行，PCR的前處理和后處理要在不同的隔離區(qū)內(nèi)進行：

1. 標本處理區(qū)，包括擴增摸板的制備；

2. PCR擴增區(qū)，包括反應(yīng)液的配制和PCR擴增；

3. 產(chǎn)物分析區(qū)，凝膠電泳分析，產(chǎn)物拍照及重組克隆的制備。
各工作區(qū)要有一定的隔離，操作器材zhuan用，要有一定的方向性。如：標本制備→PCR擴增→產(chǎn)物分析→產(chǎn)物處理。

切記：產(chǎn)物分析區(qū)的產(chǎn)物及器材不要拿到其他兩個工作區(qū)。

（二）分裝試劑：PCR擴增所需要的試劑均應(yīng)在裝有紫外燈的超凈工作臺或負壓工作臺配制和分裝。所有的加樣器和吸頭需固定放于其中，不能用來吸取擴增后的DNA和其他來源的DNA：

1． PCR用水應(yīng)為高壓的雙蒸水；

2． 引物和dNTP用高壓的雙蒸水在無PCR擴增產(chǎn)物區(qū)配制；

3． 引物和dNTP應(yīng)分裝儲存，分裝時應(yīng)標明時間，以備發(fā)生污染時查找原因。